Józef Kowalski urodził się 13 marca 1911 r. w Siedliskach koło Rzeszowa. Był siódmym z dziewięciorga dzieci Wojciecha Kowalskiego i Zofii Borowiec. Został ochrzczony 19 marca w kościele parafialnym w Lubeni przez tamtejszego wikariusza ks. Jana Konopkę. Z domu rodzinnego wyniósł głęboką pobożność i szczególną cześć do Matki Bożej, której opiece zawdzięczał wyzdrowienie z ciężkiej choroby. W latach 1917 – 1922 pobierał naukę w Szkole Ludowej w Siedliskach. W szkole wyróżniał się bystrością umysłu, pilnością, pobożnością i duchem apostolskim. Od 1922 roku uczył się w Gimnazjum Klasycznym przy Zakładzie Wychowawczym im. św. Jana Bosko Księży Salezjanów w Oświęcimiu. W 1927 roku wstąpił do nowicjatu salezjańskiego w Czerwińsku nad Wisłą. Na kapłana został wyświęcony przez bpa Stanisława Rosponda w kościele Ojców Franciszkanów w Krakowie 29 maja 1938 roku. Następnie, dnia 5 czerwca 1938 r. odprawił Mszę św. prymicyjną w rodzinnej parafii w Lubeni. Podczas drugiej wojny światowej, a dokładnie 23 maja 1941 roku wraz z innymi salezjanami pracującymi w parafii w Krakowie na Dębnikach, został aresztowany i umieszczony w krakowskim więzieniu na Montelupich. Błogosławiony wraz z współbraćmi trafił 26 czerwca do obozu w Auschwitz gdzie otrzymał numer obozowy 17 350.
Ks. Kowalski nie załamał się pomimo okrutnej rzeczywistości obozu. Był dla współwięźniów wsparciem i pocieszeniem w utrapieniu. Kiedy tylko było to możliwe, sprawował Eucharystię i szafował sakramenty – chociaż wiedział, że jest to surowo karane. Towarzyszył konającym, udzielając im rozgrzeszenia na drogę do wieczności. Błogosławiony całą swoją obecność w obozie poświęcił Bogu. W swoim pierwszym liście napisał: „Bądźcie o mnie spokojni, jestem w rękach Boga”.
W ostatni dzień maja 1942 roku rozeszła się w obozie wiadomość o transporcie księży z Oświęcimia do obozu w Dachau, gdzie jak sądzono, była większa możliwość przetrwania. W grupie 60 księży przygotowanych do transportu, znalazł się również ks. Kowalski. Jednak został on wyłączony z tej grupy, ponieważ nie wykonał rozkazu esesmana Palitzscha, który kazał mu podeptać różaniec. Gdy odbywał karę w karnej kompanii, esesmani prześcigali się w okrucieństwie wobec więzionych. Księdzu Kowalskiemu kazali wejść na beczkę i przy akompaniamencie szyderstw, udzielić konającemu rozgrzeszenia. Błogosławiony z pogodną twarzą odmówił za konających i zmarłych współwięźniów błaganie do Boga Ojca. Była to modlitwa wielka, pełna cierpienia i szczerości aż do bólu. Po modlitwach kapo zepchnął go z beczki i skopał. Zbity kapłan, z trudem powrócił wieczorem na swój blok.
Za miłość do Matki Bożej i różańca przyszło mu zapłacić najwyższą cenę. W nocy na salę wszedł kapo Józef Mitas i wezwał leżącego na pryczy ks. Józefa, który zanim wyszedł oddał pozostałym ostatnią kromkę chleba, mówiąc: „Módlcie się za mnie i moich prześladowców”. Po tych słowach, ks. Józef Kowalski został na zewnątrz zmasakrowany i utopiony w beczce z fekaliami. Oddał życie 4 lipca 1942 roku. Jego ciało zostało spalone. Tym samym spełniło się jego młodzieńcze pragnienie, by „cierpieć i być wzgardzonym”. Papież Jan Paweł II, w roku 1999, beatyfikował go w grupie 108 polskich męczenników w Warszawie.
